Проходження гри «Сталкер. Апокаліпсис» починається з блокпоста і села новачків, де потрібно поговорити з кожним з можливих персонажів. Це дозволить відкрити не тільки кілька квестових, але і додаткових завдань.
Останнім своє завдання озвучить Ярославкин. Він попросить доставити на Бурштин продукти. Там треба обшукати Сахарова, щоб отримати ще одне завдання - розібратися з минулим. Далі відбувається зустріч з Піночетом у лабораторії. Після огляду трьох трупів зомбованих, необхідно повернутися і повністю відзвітувати перед примарою, після чого висунутися в Бар для подальшого пошуку інформації.
В Барі знову доведеться вести розмови з усіма, з ким вийде. Там свої завдання дадуть Бармен, Хакер Гена і Єрмола. Причому за бесідою з Мерком знову піде розмова з Барменом. Він відправить гравця на АС, з метою бесіди з лідером Свободи.
Наступним ігровим етапом стане відправлення в лабораторію Темної Долини, але перед тим, як відправитися туди, необхідно відшукати необхідний для дверей код.
Потім, вже в самій Долині, потрібно оглянути кілька кімнат, а потім вирушити до інформатору, який в свою чергу попросить відшукати артефакт, яким володіє Кріт. Місія завершиться при послідовному виконанні завдань.